Помимо фитосанитарного контроля существует строгий ветеринарный контроль. Он является частью санитарно-эпидемиологического контроля и проводится в пограничных пропускных пунктах. Под ветеринарным контролем понимается часть санитарно-эпидемиологического контроля, производимого в приграничных контрольных ветеринарных пунктах (ПКВП), а также в других определенных нормативными актами местах.

Обязательному ветеринарному контролю подлежит продукция животноводства, птицеводства, рыбопродуктов, продукции птицеводства, различных продуктов, изготовленных из рыбных и животных продуктов. Сюда же относятся живые представители животного мира, препараты на основе животных компонентов, а также шкуры, шерсть, пушнина, рога, кости, корма, предметы коллекционирования.